截至2023年7月，杭州医学院现有临安、滨江、黄龙三个校区，青山湖科创中心和滨江生物医药研发中心（国家新药安评中心）。学校占地1456.26亩，校舍建筑面积38.21万平方米。现有教学科研仪器设备总值4.26亿元，建有国家科技图书文献中心全文资源等20余种国内外权威专业数据库；有直属附属医院1家（浙江省人民医院），非直属附属医院14家，校外实践教学基地近两百家。

学校加强应用型学科专业建设，以医学为主，理学和工学等多学科融通协同发展。现有全日制在校硕士研究生、本专科生共10947人。有基础医学、公共卫生与预防医学、药学3个一级学科硕士点，公共卫生、药学、生物与医药3个专业学位硕士点。有肿瘤科、普通外科学、临床护理学等3个国家临床重点专科；公共卫生与预防医学为省一流学科（A类），临床医学、基础医学、药学、医学技术4个学科为省一流学科（B类）；有微创外科、生物医药等2个省级医学重点学科群。开设临床医学、口腔医学、预防医学、医学影像学、医学检验技术、药学、护理学等21个本科专业，其中国家级一流本科专业建设点3个、省级一流本科专业建设点4个。现有国家级一流课程5门（药学管理学、临床分子生物学检验技术、药物化学、康复功能评定学、护理基础），省级一流课程123门。

杭州医学院的前身为创建于1925年的浙江省立女子产科学校，历经浙江省立杭州高级医事职业学校、浙江省杭州卫生学校、浙江省卫生学校、浙江医学高等专科学校等，2016年升格为医学本科院校。

浙江省医学科学院的前身为创建于1928年的杭州热带病研究所，历经浙江卫生实验院、浙江医学科学院、浙江人民卫生实验院、浙江医学研究院等，1987年更名为浙江省医学科学院。

2019年9月，浙江省人民政府批复同意，杭州医学院与浙江省医学科学院合并组建新的杭州医学院。

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