通慧禅林始建于清初,原为化城寺东序寮房之一,咸丰年间毁于战火后于光绪七年(1881)重建。寺院坐落于九华街东侧芙蓉路20号,建筑群由五座徽派民居式殿宇组成,呈现粉墙黛瓦的典型风格。1988年比丘尼仁义倾尽积蓄主持重修工程,历时两年恢复道场规模。现寺内供奉有中国佛教史上首尊比丘尼肉身菩萨——仁义师太全身舍利,成为九华山第十二尊真身菩萨的供奉地。
寺院依东崖西麓地势而建,整体呈现坐东朝南的朝向特征。主体建筑包含:
山门殿:单檐硬山顶结构,门额嵌'通慧庵'石匾。
大雄宝殿:二层楼阁式建筑,一层供奉释迦牟尼佛,二层设悦珠殿供奉仁义师太肉身菩萨。
寮房区:南北两厢各设十二间僧舍,保持清代寮房原有布局。
医方明殿:陈列仁义师太生前使用的医疗器械与行医证件。
寺院地处九华街东端入口主干道。门前古松为九华山"四大名松"之一的栖鹤松,树龄逾四百年。后院保存明代摩崖石刻'无垢泉'遗迹,泉水经检测含锶量达0.82mg/L。寺院东南侧存有清初僧塔三座,其中诵林禅师塔建于顺治年间。
明末清初有进士出家为僧,法号诵林,在此结茅禅修。清顺治年间正式建寺,康熙时期纳入化城寺东序寮房管理体系。咸丰年间(1851-1861)战乱中殿宇遭毁,光绪七年(1881)由法轮法师主持重建。1950年代寺院被占用,文革期间再次遭到破坏。1986年寺院产权归还佛教协会,1988年比丘尼仁义主持全面修缮工程,历时两年恢复三进院落格局。
1995年11月,住持仁义师太圆寂后实行坐缸仪式。1999年1月开缸时呈现全身舍利状态,成为汉传佛教首尊比丘尼肉身菩萨,其真身现存于大雄宝殿二层玻璃佛龛内。寺院现存清康熙年间《化城寺东序寮房田产簿》原件,记载寺院鼎盛时期拥有山田七十八亩。现代诗僧辙园留有诗句"白云为体空为家,梦幻学禅寄九华",镌刻于寺院照壁。
1949年,仁义师太(俗名姜素敏)在此剃度出家。1988年重返九华山主持寺院重建。1995年圆寂前七日停止进食,每日仅饮白开水。2018年寺院启动数字化保护工程,对清代建筑构件进行三维扫描建档。