华大基因与英伟达达成合作 使用CUDA进行全基因组测序

2019年12月18日,英伟达GTC China大会在苏州举行,maigoo小编了解到,英伟达为CUDA增加了两个新的主流应用——5G vRAN和基因组处理,基因组行业的华大基因对应用实现了支持。华大基因的生命科学超级计算机以每天60个基因组的吞吐量,改变了全基因组测序,并同时降低了成本。

  • 全基因组测序会分析整个基因序列,可以检测由遗传性疾病引起的DNA突变,突变导致的癌症扩散,或是追踪基因突变引发疾病的机制。

    同时这项技术也用于研究畜牧业、农特和导致疾病的微生物。

    但是,如何解决大数据存取能力以及计算能力不足等瓶颈问题,是基因组学研究和应用面临的一大难题。基因组处理流程在行业标准中被称为GATK,这一过程可根据参考绘制DNA短链,以重建基因组并找出变异,属于计算密集型任务。

    大会现场,黄仁勋发布NVIDIA Parabricks基因组分析工具包,Parabricks是一个基于CUDA加速的基因组处理工具包,可以用于发现变异,并能产生与GATK最佳实践流程一致的结果,实现30-50倍的加速。

    Parabricks提供了DeepVariant工具,利用深度学习技术进行基因变异检测。现在,华大基因就采用了Parabricks。借助若干GPU服务器,华大基因可以按照测序仪生成数据的速率来处理基因组。

  • 华大基因品牌介绍
行业推荐品牌

华大基因作为中国基因行业的奠基者,秉承“基因科技造福人类”的使命,通过20多年的人才积聚、科研积累和产业积淀,已建成覆盖全球百余个国家和全国所有省市自治区的营销服务网络,成为屈指可数的覆盖本行业全产业链、全应用领域的科技公司,立足技术先进、配置齐全和规模领先的多组学产出平台,已成为全球屈指可数的科学技术服务提供商和精准医疗服务运营商。

公司主营业务为通过基因检测、质谱检测、生物信息分析等多组学大数据技术手段,为科研机构、企事业单位、医疗机构、社会卫生组织等提供研究服务和精准医学检测综合解决方案。华大基因以推动生命科学研究进展、生命大数据应用和提高全球医疗健康水平为出发点,基于基因领域研究成果及精准检测技术在民生健康方面的应用,致力于加速科技创新,守护人类卫生健康共同体,抑制重大疾病对人类的危害,以减少出生缺陷,加强肿瘤防控,精准治愈感染,推行慢病防控,助力精准医学。

公司总部位于中国深圳,在北京、天津、武汉、上海、广州等国内主要城市设有分支机构和医学检验所,并在香港、欧洲、亚太、中东等地区设有海外中心和核心实验室,已形成“覆盖全国、辐射全球”的网络布局,业务遍及全球100多个国家和地区,包括中国境内2000多家科研机构和2400多家医疗机构,其中三甲医院600多家;欧洲、美洲、亚太等地区合作的海外医疗和科研机构超过3000家,与30多个国家和地区的卫生主管机构建立了合作关系。

  • 英伟达品牌介绍
行业推荐品牌

NVIDIA(中国大陆译名:英伟达,港台译名:辉达),成立于1993年,是一家美国跨国科技公司,总部位于加利福尼亚州圣克拉拉市,由黄仁勋、克里斯·马拉科夫斯基和柯蒂斯·普里姆共同创立。公司早期专注于图形芯片设计业务,随着公司技术与业务发展,已成长为一家提供全栈计算的人工智能公司,致力于开发CPU、DPU、GPU和AI软件,为建筑工程、金融服务、科学研究、制造业、汽车等领域的计算解决方案提供支持。

1999年,NVIDIA发明图形处理器(GPU),极大推动PC游戏市场的发展,重新定义了计算机图形技术。2006年,发明并行计算平台和编程模型CUDA,为后来的人工智能技术带来了重大影响。2021年,发布图形模拟与仿真平台NVIDIA Omniverse。除了在汽车、AI工厂、游戏等领域取得商业成功外,NVIDIA的GPU计算为科学领域提供帮助,通过GPU的加速计算处理激光干涉引力波天文台收集的数据,帮助雷纳·韦斯等人成功检测到首批引力波。

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