由国家林业局和农业部发布的《中国国家重点保护野生植物名录(第一批)》于1999年9月9日开始施行,列入野生植物250余种,其中国家一级保护植物50余种、国家二级保护野生植物200多种。
| 排序 | 中文名 | 学名 | 类别 |
| 1 | 光叶蕨 | Cystoathyrium chinense | 蹄盖蕨科 |
| 2 | 玉龙蕨 | Sorolepidium glaciale | 鳞毛蕨科 |
| 3 | *水韭属(所有种) | Isoetesspp. | 水韭科 |
| 4 | 巨柏 | Cupressus gigantea | 柏科 |
| 5 | 苏铁属(所有种) | Cycasspp. | 苏铁科 |
| 6 | 银杏 | Ginkgo biloba | 银杏科 |
| 7 | 百山祖冷杉 | Abies beshanzuensis | 松科 |
| 8 | 梵净山冷杉 | Abies fanjingshanensis | 松科 |
| 9 | 元宝山冷杉 | Abies yuanbaoshanensis | 松科 |
| 10 | 资源冷杉(大院冷杉) | Abies ziyuanensis | 松科 |