全国重点文物保护单位 
革命遗址 任务
其任务主要有二方面：一是实行科学研究；二是指导、联络、奖励学术研究。设有特任级院长一人，其下设行政、研究、评议三机构。
研究所
理、化、工三研究所设在上海，其余各所均设于南京，并在南京成贤街旧法制局内设立总办事处(北极阁新址落成后，办事处迁往新址办公)，以办理全院一般行政事宜。抗战期间，中央研究院各研究所分设于重庆、北碚、李庄、昆明四区。抗战胜利后，数学研究所筹备处、物理研究所、化学研究所、动物研究所、植物研究所、医学研究所筹备处、工学研究所、心理学研究所等八单位，暂设于上海，总办事处及天文、地质、气象、历史语言、社会科学等五研究所，共六单位，设于南京。
职务
中央研究院设院长一人，综理全院行政事宜一人，承院长之命，处理全院行政事宜。研究所设所长务，并指导研究事宜。综理所中央研究院的首任院长是蔡元培，继任院长为朱家骅。总干事先后为杨杏佛、丁文江、朱家骅、任鸿隽、傅斯年、叶企孙、李书华、萨本栋和钱临照。
机构
学术评议会
中央研究院设有学术评议会，为民国高学术评议机构。1935年6月19日，成立第一届评议会。1948年4月1日，中央研究院第二届评议会第五届年会选举产生第一届院士81人，其中数理组院士28人，生物组院士25人，人文组院士28人。
台湾搬迁
1948年12月，中央研究院开始向台湾搬迁。除总办事处、数学以及历史语言研究所较完整地迁台外，其余各研究所大都留在南京和上海。在中央研究院81名院士中，迁至台湾的仅有凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖7人，在国外的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等12人，其余五十余人(除萨本栋等人去世外)均留在了大陆。1949年10月，中央研究院留在大陆的各机构都被中国科学院接收。
北京东路39号
北京东路39号(原鸡鸣寺路1号)是中央研究院总办事处以及地质研究所、历史语言研究所和社会科学研究所所在地。
办事处
总办事处大楼坐北朝南，是一座仿明清宫殿式的建筑。大门两侧及围墙东侧共建有三座方形攒尖顶警卫室，其风格与大楼一致。大楼建于1947年，由基泰工程司杨廷宝建筑师设计，新金记康号营造厂建造。大楼高三层，建筑面积3000平方米，钢筋混凝土结构，单檐歇山顶，屋面覆盖绿色琉璃筒瓦，梁枋和檐口部分均仿木结构，漆以彩绘，清水砖墙，花格门窗，建筑外形具有浓郁的民族风格。
大楼建筑平面呈"T"字形，入口处建有二层门廊及装饰门套，经过穿堂来到后面突出部分，便是一座三层书库；前楼西侧建有小型演讲厅，为学术活动场所；前楼中间部分采用内廊式布置，内廊南北两侧为办公、科研用房。
地质研究所
地质研究所,位于中央研究院总办事处大楼的西北方，现为中国科学院南京地质古生物研究所和古生物陈列室所在地。
地质研究所大楼门朝东南，是一座仿明清宫殿式建筑。楼前有两层石阶，石阶之间有一座休息小平台，石阶上部为一大平台，大楼就建在这个大平台上。大楼由基泰工程司建筑师杨廷宝设计，朱森记营造厂承建。大楼建于1931年，依山而建，高二层，钢筋混凝土结构，建筑面积约一千平方米，建筑平面呈"凸"字形。单檐歇山顶，屋面覆盖绿色琉璃瓦，梁枋及檐口部分为仿木结构，漆以彩绘。大楼前部，建有一座亭式门廊，两侧有栏杆，门廊雕梁画栋。一楼中部设有地质标本陈列室，其余为制作、资料、科研、办公用房。在大楼东南角地下室内，建有锅炉房。1932-1937年李四光曾在此主持工作。1951-1953年李四光曾担任该所所长。
历史语言研究所
位于中央研究院大院内总办事处大楼的正北面，现为中国科学院南京地质古生物研究所。
大楼为仿明清宫殿式建筑，由基泰工程司建筑师杨廷宝设计，六合营造厂承建。大楼建于1936年，高三层，钢筋混凝土结构，建筑面积1700平方米。建筑平面呈长方形，单檐歇山顶，屋面覆盖绿色琉璃瓦，外墙上部为清水青砖墙，下部采用水泥仿假石粉刷。大楼朝南，入口处建有一座仿木结构的单层门廊。在大楼的东西两侧，各辟有一个侧门。大楼两端为阅览室和小型书库，其余部分为办公、研究用房。
社会科学研究所
位于中央研究院总办事处大楼的东北面，现为中科院南京地质古生物研究所办公楼。大楼建于1931年，高三层，人字顶，红砖墙，坐北朝南，西南角有蔡元培先生题写的奠基碑。
保护单位
1993年，中央研究院建筑群被列为南京市文物保护单位。
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