1953年4月，学院前身江苏省交通干部职工培训班创建，设置安品街、建邺路、九儿巷三个分部。

1955年3月，在办学地点不变的情况下，合并三个训练班，创办“江苏省交通干部职工学校”。

1956年1月，学校定名为“江苏省交通干部学校”，总部设在建邺路26号。

1964年，江苏省交通厅等联合发文，决定成立南京汽车职业学校。

1965年，江苏省交通厅整合江苏省南京汽车职业学校、江苏省南京航运职业学校，定名为“江苏省南京交通学校”，校址设在建邺路省委党校内。

1966年学校迁址南京市浦口沿江乡冯垟江苏省金陵汽车配件厂内，同年，位于镇江谏壁的江苏省汽车学校迁入。

1969年12月，学校停办。

1973年11月，经省革委会发文批准，学校复办，校址设在南京农业机械化学校内。

1996年，学院开始试办高职班。

2001年6月，学校成为江苏省政府批准的首批独立升格的高等职业技术学院。

2002年11月，省发展计划委员会同意学院在南京江宁大学城征地800亩进行新校区建设。

2005年10月，学院搬迁至江宁新校区。

2011年4月，学院的第一个省级工程研发中心“江苏省道路交通节能减排工程技术研究开发中心”成立。

2012年7月，学院与南京林业大学于决定在“交通运输”和“物流管理”两个专业实施“3+2”分段培养，联合培养本科层次高端技能型人才。

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