新疆农业大学科学技术学院是由新疆农业大学举办，利用非国家财政性经费办学，主要采取银校合作方式建设，是实施本科学历教育的独立学院，属于非营利性公益事业。学院2005年11月经自治区事业单位登记管理局审批，获得“二类事业单位独立法人”资格，法定代表人为独立学院院长（农大校长兼任），领导班子主要成员由农大任命，班子部分成员、中层干部、职工由学院聘任，实行聘任合同制、聘书制、劳务派遣、合作企业派遣等多种聘任方式。

学院设有机电工程系、建筑工程系、生物科学系、经济管理系、语言文学系、艺术传媒系等6个专业系部，并设教务管理部、学生工作部、组织人事部、党政办公室、图书阅览中心等11个部门机构。学院拥有33个本科专业，涵盖理、工、农、经、管、文、医等8个学科门类。2012年4月学院经自治区学位委员会审核获批学士学位授权单位。

2020年10月25日，新疆维吾尔自治区教育厅发布公告称，新疆农业大学科学技术学院终止办学，原学校并入新疆农业大学。