昌吉学院现有两个校区，占地面积1209亩。其中，北京路校区194亩；世纪大道校区1015亩。学校现有各类教学科研仪器、设备总值12458余万元, 纸质图书164万余册，电子图书175万余册。截至2022年11月，学校有全日制在校生32814人，其中本科生24793人、专科生7766人、硕士研究生255人。

学校设有马克思主义学院、人文与传播学院、国家通用语言教育学院、经济与管理学院、外国语学院、数学与数据科学学院、物理与材料科学学院、能源与控制工程学院、化学与化工学院、信息工程学院、体育与健康学院、音乐与舞蹈学院、美术与设计学院、教育科学学院、航空学院、继续教育与培训学院16个二级教学单位，共74个本、专科专业（其中49个本科专业，25个专科专业），专业覆盖法学、教育学、文学、理学、工学、经济学、管理学、艺术学八个学科门类。学校于2012年获批教育部“特需项目”建设单位，2013年开始招收工程硕士专业学位研究生，2018年获批硕士学位授予单位，有材料与化工（材料方向、化工方向）、教育硕士（学科教学语文、数学、英语、物理、化学）两个专业学位硕士授权点。

学校小学教育专业荣获国家级一流本科专业建设点，有材料科学与工程自治区重点学科，数学与应用数学、能源与动力工程、计算机科学与技术（云计算）、材料物理、物理学等10个自治区一流专业，数学分析、JAVA 程序设计等10个自治区一流课程；能源与动力工程、计算机科学与技术（云计算）和网络与新媒体三个自治区重点专业，已逐步形成了专业设置比较合理，多学科共同发展的办学格局。

昌吉学院的前身是昌吉师范学校。

1959年，昌吉师范学校成立。

1985年，昌吉师范学校升格为昌吉师范专科学校。

2001年5月，经国家教育部和自治区人民政府批准升格为普通本科院校昌吉学院。

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