1989年,参加全国少年乒乓球赛和亚洲少年乒乓球赛,均夺得男子单打冠军。
1991年,拿下全国乒乓球锦标赛男子团体冠军,并调入国家乒乓球一队。
1994年1月,参加第二届世界乒乓球青年锦标赛,获得男单、男团两项冠军。
1994年9月,在第十二届亚洲乒乓球锦标赛获得男单项目冠军、混双冠军,男团项目中,帮助中国队夺冠,实现个人“三冠王”。10月,参加日本广岛亚运会,获得男子团体冠军、混双冠军。
1995年5月,参加第43届世乒赛,帮助中国队夺得男子团体冠军,男单项目中夺冠,职业生涯第一次捧起世界冠军奖杯。
1995年10月,参加在法国举办的乒乓球世界杯,夺得男单冠军。
1996年7月,参加第26届奥运会,乒乓球男双决赛中,夺得冠军,收获个人首枚奥运金牌。同年,还获得首届国际乒联职业巡回赛男单冠军和亚洲乒乓球锦标赛男单、男双冠军。
1997年4月,参加第44届世界乒乓球锦标赛,获得男团冠军、混双亚军和男双冠军。同年,还获得国际乒联总决赛男单冠军。
1998年,参加第十三届曼谷亚运会乒乓球比赛,夺得男团冠军、男双冠军。
1999年,拿下第45届世乒赛男双冠军和亚洲12强赛冠军,在国际乒联总决赛中,获得男双冠军、男单亚军。
2000年9月,参加悉尼奥运会,在男单项目中获得金牌,并完成男单世界冠军“大满贯”伟业。
2001年,参加第46届世乒赛,获得男团冠军,男单、男双亚军。
2004年,在第47届世乒赛中获得男团冠军。
2005年,参加第48届世乒赛,收获男双冠军。
2006年,宣布退役。
2006年10月,参加国家队乒乓球一队教练员述职,正式开启教练员生涯。
2007年1月,正式分管郭跃和刘诗雯,成为4名选手的主管教练。在女团项目中,弟子郭跃与张怡宁和王楠一起,拿到奥运女团冠军。
2013年2月,出任女队主教练。并赢得上任后首个世界冠军。
2014年,带领中国女队取得24战全胜的战绩,拿到团体世锦赛冠军,并获得2014年国际乒联年度最佳教练提名。
2016年,里约奥运会,带领中国女队获得乒乓球女子团体冠军,女单项目上,丁宁战胜李晓霞获得冠军,中国队包揽金、银牌。
2000年,悉尼奥运会男子单打冠军。
2000年,悉尼奥运会男子双打亚军。
1996年,亚特兰大奥运会男子双打冠军。
2005年,第48届世乒赛男子双打冠军。
2003年,第47届世乒赛男子双打亚军。
2001年,第46届世乒赛男子单打亚军。
2001年,第46届世乒赛男子双打亚军。
2001年,第46届世乒赛男子团体冠军。
2000年,第45届世乒赛男子团体亚军。
1999年,第45届世乒赛男子双打冠军。
1997年,第44届世乒赛男子团体冠军。
1997年,第44届世乒赛男子双打冠军。
1997年,第44届世乒赛混双亚军。
1995年,第43届世乒赛男子团体冠军。
1995年,第43届世乒赛男子单打冠军。
2002年,第23届男子世界杯男子单打亚军。
1997年,第18届男子世界杯男子单打亚军。
1995年,第16届男子世界杯男子单打冠军。
他非常固执,好的地方就是追求执着,对事业很执着。但他固执的另一面,是一般的东西,他不太容易接受。我们有时候也很头疼,有时候心里在骂街,恨不得,怎么这么不开窍?(中国乒乓球队总教练蔡振华评)
我感觉他人比较固执,就是他认准的一样东西,你很难去改变他。(中国乒乓球男队主教练刘国梁评)
孔令辉的退役意味着一个时代的结束,不过退得太早了些,很惋惜啊。(前国家队总教练许绍发评)
辉哥是一个非常成功的乒乓球运动员,我希望他早点娶妻生子,在以后的事业上,同样成为一个成功的男人。(中国男子乒乓球运动员王皓评)
他平时是一个能扛,能沉得住气,心里很有想法的人。(中国男子乒乓球运动员刘国正评)